La gestion de l'ANFA s'effectue dans le cadre des dispositions légales et réglementaires applicables à des associations de la loi 1901, des OPCA, et le cas échéant, des OCTA.
L'exercice financier et comptable commence le 1er janvier et finit le 31 décembre de chaque année.
Chaque catégorie de ressources fait l'objet d'une comptabilisation spécifique et individualisée.
Les comptes annuels sont certifiés par un commissaire aux comptes inscrit au tableau de la compagnie.
Les ressources sont placées en numéraire, dépôts à vue ou placement à court terme.
De façon plus générale, la gestion des ressources s'effectue conformément aux lois, règlements et dispositions conventionnelles concernés.
Les pièces justificatives sont conservées, après la clôture de l'exercice, pendant les délais réglementaires.