Elle est composée de deux collèges :
- pour le collège des salariés et pour chacune des branches de la transformation laitière, d'un représentant titulaire et d'un représentant suppléant par organisation syndicale de salariés, reconnue représentative au sein de chaque branche ;
- pour le collège des employeurs, représentant la FNCL et la FNIL, d'un nombre de représentants au plus égal à celui du collège des salariés.
La CPNEFP établit son règlement intérieur.